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L'origine dell'insediamento religioso si deve all'iniziativa dei Canonici Lateranensi che nel 1473 ricevettero l'approvazione alla sua costruzione da papa Sisto IV.
La chiesa fu iniziata nel 1477. Eretto ad abbazia nel 1628, il complesso conobbe un periodo di decadenza a causa della soppressione dell'Ordine Lateranense nel tardo Settecento e successivamente delle espropriazioni napoleoniche. Gli edifici, adibiti a scuderia e caserma, furono riscattati nel 1830, quando la chiesa venne acquistata dai parrocchiani del sobborgo di San Martino.
I restauri, condotti tra gli anni Trenta e Settanta del Novecento, hanno restituito l'originario aspetto dell'architettura quattrocentesca lombarda e hanno riportato alla luce la decorazione interna della navata, di gusto classicista databile agli ultimi anni del Quattrocento.
Altri affreschi sulle pareti e nelle cappelle costituiscono testimonianze pittoriche dell'inizio del secolo XVI, non facenti parte della stessa campagna decorativa.
In un locale identificabile con l'antica cappella privata dei canonici resta inoltre traccia di una lunetta affrescata con la Madonna col Bambino , Santi e Beati dell'ordine lateranense.
L'adiacente convento delle Grazie, articolato intorno ad un chiostro di stile bramantesco, nel 1833 fu destinato a sede di un ospizio per i poveri e gli inabili, grazie al lascito testamentario di Gaudenzio De Pagave. La ristrutturazione dello stabile fu affidata all'architetto Antonio Agnelli (1788-1865).